marco pessoa is a biologist http://marcopessoa.com/ 2016-07-27T13:35:21-03:00 Marco Pessoa Papers3 e Portal Periódicos http://marcopessoa.com/blog/2016/07/27/papers3-e-portal-periodicos/ 2016-07-27T13:35:21-03:00 2016-07-27T13:35:21-03:00

O Portal Periódicos da CAPES recentemente modificou a forma de acesso ao seu conteúdo, mesmo quando o acesso é feito a partir de instituições participantes.

Antes, ao acessar um artigo diretamente no site do periódico assinado, o acesso era reconhecido a partir do seu IP e o conteúdo disponibilizado.

Agora, você é obrigado a acessar o portal, procurar o periódico, navegar nos resultados de busca, clicar no link do periódico, buscar seu artigo, e só então acessar o conteúdo final ou baixar um PDF.

O que o portal fez foi estabelecer uma conexão via EZproxy, que autentica o seu IP e re-escreve o endereço da URL acessada. Esse formato é utilizado em muitas bibliotecas de universidades no exterior, com acesso controlado por login e senha.

No caso do Portal, não parece haver login e senha, e o acesso é reconhecido a partir do IP de instituições participantes da rede credenciada.

Se o seu programa gerenciador de referências bibliográficas tem a opção de configuração de acesso por EZproxy, é possível configurá-lo para acessar o conteúdo do Portal Periódicos automaticamente.

Uso o Papers3 no Mac, e nesse caso, em Preferências, e Access, seleciono “Other” como opção e digito o endereço URL do EZProxy do Portal:

Print screen do Papers3 para configuração de EZProxy

Depois de fechar a janela, reinicio o Papers3.

Agora, ao fazer uma busca dentro do próprio Papers ou no seu navegador (com a opção de abrir o link no Papers), o endereço do periódico é modificado para ser acessado via Portal Periódicos, automaticamente, por exemplo:

Exemplo de URL modificada

IMPORTANTE: O acesso só será realizado se você estiver navegando a partir de uma instituição cadastrada no Portal Periódicos.

Funcionou pra você? Deixe um comentário!

meus motivos contra o cadastramento biométrico http://marcopessoa.com/blog/2013/06/30/contra-cadastramento-biometrico/ 2013-06-30T08:55:42-03:00 2013-06-30T08:55:42-03:00

Algumas pessoas acabam me perguntando os motivos da minha irritação com o cadastramento biométrico do Tribunal Superior Eleitoral. Escrevi essa resposta hoje por mensagem e decidi postar aqui também.

Primeiro eu acho uma sacanagem isso ser obrigatório. Obrigar milhares de pessoas a irem ao cartório pra cadastrar uma digital. Depois lembro que já não gosto da ideia do voto obrigatório, mas isso é provavelmente uma fase (do Brasil, não minha). Me irrita esse tom ameaçador do Tribunal de que se eu não for, eu perco direitos porque meu título é cancelado. As digitais são minhas. Acho invasivo.

Até aí a irritação soa como birra minha. Mas eu também acho que o cadastramento biométrico é um engodo. Não acho que vá tornar as eleições mais seguras. A primeira pergunta é: há fraude? A gente não escuta sempre que o nosso processo eleitoral é livre de fraude? Vamos supor que haja fraude: por que o número do título não é suficiente pra detectar votos em duplicidade? Ou pessoas que votam por outras? Não há exigência de comprovação de identidade? Ou isso não tem sido suficiente? Por que? O sistema tá quebrado? O voto é secreto de verdade?

Assim como em grande parte de iniciativas das nossas instituições públicas que vendem o uso de tecnologia como uma garantia de “melhorias” (vide a ideia de se comprar tablets para escolas públicas, como se isso garantisse melhor qualidade de ensino), acho que é uma oportunidade excelente para gasto de dinheiro com equipamento, pessoal, software. Alguma(s) empresa(s) ganha(m) muito dinheiro com isso. E eu que tenho que ir lá colocar o dedinho na máquina.

Finalmente, se cadastramento biométrico fosse infalível, recentemente não teriam sido presas pessoas usando dedos falsos (!), de silicone (!), para burlar sistemas de leitura biométrica.

E um exemplo mais próximo: minha mãe, por algum motivo inexplicável, vem perdendo a nitidez das impressões digitais dela. Em outras palavras: elas estão sumindo. Sempre que ela tem que usar qualquer sistema desse tipo, passa por dificuldades. Vai ter algum plano B para casos como o dela? Se o leitor der problema, e esses leitores dão bastante problema, o meu título de eleitor velhinho vai ser útil?

on the consistency of genome assemblies http://marcopessoa.com/blog/2013/03/04/consistency-genome-assemblies/ 2013-03-04T08:09:04-03:00 2013-03-04T08:09:04-03:00

This is from a blog post by C. Titus Brown about the Assemblathon 2 paper. Since we are currently dealing with genome assemblies I though it would be nice to post this here for future reference.

We need to clearly state that each assembly is a computational hypothesis, developed from noisy data using approximate computation, and that this assembly must be treated with skepticism. And we need to stop treating the output of programs published in peer-reviewed articles as if they are tablets handed down from on high, correct until proven wrong – they worked once, for one group, but that hardly means they’re robust or even particularly correct.

a fixed version of the "kindle to devonthink" script http://marcopessoa.com/blog/2013/01/29/fixed-version-kindle-devonthink-script/ 2013-01-29T20:20:56-02:00 2013-01-29T20:20:56-02:00

I’m a devoted DEVONThink user ever since I read Steven Berlin Johnson’s book, “Where Good Ideas Come From”. In one of the chapters, Steven describes how he uses DEVONThink to construct a personal database of text entries that were selected by him for any particular reason, either from books, newspapers, or the web. It’s his digital commonplace book.

DEVONThink fits this purpose because in addition to being a tool to store information - text, documents, images, bookmarks, e-mail - it allows you to automatically connect different entries by clicking a button. This feature is perfect to make serendipitous connections between passages about a specific subject, or between things you are writing and your own database. For a great explanation on how this works, check out this post on Steven’s blog.

Later on, I found some useful scripts that would definitely fit my workflow. In summary, I read scientific papers (as pdf files) on an app called Skim. Another frequent source of reading material is the Kindle, where I can highlight lots of interesting book passages. I don’t remember exactly how I found those scripts. One of them allowed me to export my pdf highlights from Skim to Devonthink. The other one allowed me to export my Kindle ebooks highlights from my Kindle Highlights web page to DEVONThink. Both scripts worked perfectly fine, and I was happily collecting text passages that fitted my research interests.

One day, however, the Kindle-to-DEVONThink script stopped working, because Amazon decided to change the way the information was organized on the Kindle Highlight’s page. I sent an e-mail to the author of the script, and he said he wouldn’t be able to work on it immediately. He suggested I looked at it myself, or tried to find someone who knew Perl and AppleScript to fix it. I actually looked at it but couldn’t make sense of it at all. So I decided to wait. Maybe that guy would have some time to do something about it.

My patience only lasted until I finished my next ebook. Finishing my ebooks and not being able to import my highlights into DEVONthink was such a pain that I tried to overcome my noob scripting abilities. Surprisingly for me, I was able made it work! I sent it to Rob Trew, the author of the script, who promptly suggested me to set up a GitHub account and upload a fork of the original project, so I showed up as a collaborator.

Since I’m not really trained in any scripting languages, being able to fix this was a huge personal victory.

Here’s the original description of the script, by Rob Trew, posted on the DEVONThink forum:

I have posted a first draft of a script which imports Kindle notes (highlighted passages and associated user notes) into the selected DEVONthink group.

The script creates RTF notes in the same format as my Sente, Skim, and Mekentosj Papers2 scripts. (A separate DEVONthink group is used/created for each book).

If you have created a custom Devnote.css file for any of these scripts in your scripts folder, it will be used by this script too, and apply the styles which it contains.

As with the other scripts, this aims to facilitate the kind of work-flow described by Steven Berlin Johnson in various articles.

Note that by default the script imports notes from the https://kindle.amazon.com/your_highlights web pages (which have the richest set of data fields, and allow for the creation of some useful hyperlinks in the DT records - jumping, for example, to the relevant passage in the OS X Kindle app).

The script will, however, also offer to import notes from the My Clipping.txt file on a Kindle device, or from any text file which uses the same format.

(The technically curious will find the current draft of the parsing logic in perl files inside the script bundle.

The HTML parsing uses the HTML::TokeParser library, and the TXT parsing uses Date::Parse and Date::Language

As far as I can see these libraries seem to be part of the standard OS X 10.6 perl installation …)

And here’s how to use the new version of the script, as I posted it on the same thread:

The highlight page for a specific book is now accessed from a link in the ebook popular highlights page:

1) Starting from http://kindle.amazon.com/your_highlights, click on a book title. This will take you to the book page that includes shared notes and popular highlights.

2) In the upper right corner of this page there is a link to your personal highlights saying “You have n highlighted passages”. Click on this link.

3) This will lead you to a page with the following URL structure: https://kindle.amazon.com/your_highlights_and_notes/BOOK_ASIN. That’s the page where the script actually works now.

You can download the new script here

KNOWN BUGS: 1) Temporary HTML file is not deleted from Desktop 2) Ebook title is not detected when writing DevonThink files and folders

Please feel free to download the new version of the script and test it. As shown above, the instructions are basically the same for the original script, except for the page you are going to navigate to in order to use it. Last, but not least, the script only works with Safari.

ssr markers for brachiaria ruziziensis http://marcopessoa.com/blog/2013/01/18/ssr-markers-brachiaria-ruziziensis/ 2013-01-18T09:55:08-02:00 2013-01-18T09:55:08-02:00

Just a quick note to celebrate that our paper reporting the development of the first set of microsatellite markers in Brachiaria ruziziensis was published on BMC Genomics earlier this week.

You can check the provisional PDF and abstract of the paper by clicking here, or visiting my publications page.

I’ll try to prepare a “story behind the paper” post soon.

BTW, BMC Genomics is open access!

my top 10 lists for 2012 http://marcopessoa.com/blog/2013/01/01/top-10-lists-2012/ 2013-01-01T10:30:21-02:00 2013-01-01T10:30:21-02:00

Top 10 Artists 2012:

  1. The New Pornographers
  2. The Beatles
  3. Bob Dylan
  4. Wilco
  5. Pixies
  6. Minutemen
  7. Caetano Veloso
  8. Foo Fighters
  9. Nirvana
  10. Cat Power

Top 10 Albums 2012:

  1. Bob Dylan - The Freewheelin’ Bob Dylan
  2. Minutemen - Double Nickels on the Dime
  3. The New Pornographers - Twin Cinema
  4. MGMT - Oracular Spectacular
  5. The New Pornographers - Electric Version
  6. The New Pornographers - Challengers
  7. The Beatles - Abbey Road
  8. Pixies - Surfer Rosa/Come on Pilgrim
  9. Bob Dylan - The Times They Are A-Changin
  10. Doves - Some Cities
question to plant breeders http://marcopessoa.com/blog/2012/09/18/question-to-plant-breeders/ 2012-09-18T10:07:59-03:00 2012-09-18T10:07:59-03:00

I’m reviewing a manuscript focused on plant breeding and then a question came up while reading it. So I’ll leave this here for plant breeders to help me if they ever see this:

How often is the term “genotype” is still used when referring to an accession or cultivar? Any thoughts or comments?

forget "junk" DNA with ENCODE papers http://marcopessoa.com/blog/2012/09/05/forget-junk-dna-with-encode-papers/ 2012-09-05T12:47:29-03:00 2012-09-05T12:47:29-03:00

“Thanks to the identification of these functional elements, 80% of the human genome now has at least one biochemical function associated with it”

This just came out: 30 papers from the ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) project are now available. One of the goals of the project was to identify regions related with transcription regulation, for instance.

The papers are on Nature, Genome Research and Genome Biology. There is a kind of portal organized by Nature that presents all this data. There is even an iPad app! By the way, all papers are open access.

Can’t wait to take a look at some of them!

how to network on scientific meetings - a few useful links http://marcopessoa.com/blog/2012/09/03/networking-on-scientific-meetings/ 2012-09-03T10:48:26-03:00 2012-09-03T10:48:26-03:00

Browsing through Google+, I ran into a blog post on how to get the most out of a scientific conference, written by a PhD student in Entomology, Crystal Ernst.

In summary, she decided to focus on specific goals, such as finding a partner for a project, and post-doc opportunities outside her country. She also focused on learning something new, leaving the comfort zone of only attending talks totally in her field. I agree with this approach, and learning early on how to get the most out of scientific meetings is something we all should try to do.

The post also linked to two other blog posts, regarding one problem I frequently face when I attend meetings, workshops, or conferences: networking. As a young researcher (some people still think I’m a student even 4 years after I got my PhD), it is still hard for me sometimes to engage on conversation at meetings, for a series of reasons. I usually wait to be comfortable with the people I would be interested to talk to - if it’s in a small meeting, that is much easier to do.

Anyway, the first post is called On Networking: A Rant, from the Neurotic Physiology blog on Scientopia. I sympathize with practically all the questions scicurious asks about networking, and with the situations and the anxiety she faces when she decides to do some networking. The post generated more than 80 comments which really add to the discussion and I advise you read those if you’re interested in this topic.

Another one came out on the Oikos blog, and it’s called Advice: how to network at conferences. It presents the point of view of a researcher on the subject, also listing plenty of useful advice for students. Don’t forget to check the comments on this one as well.

Finally, on the comments section of the first post someone added a link to an older post, from 2009, also with some helpful advice, especially for students attending their first conferences. This one is called Things to do at a meeting, by paleontologist Dave Hone.

So whether you are a student just starting at your first conferences, or a young researcher like me who still struggles to network successfully, go ahead and read those four posts. I hope you also find them useful!

PolitiFact http://marcopessoa.com/blog/2012/08/31/politifact/ 2012-08-31T12:24:34-03:00 2012-08-31T12:24:34-03:00

Isso aqui é interessante.

Existe um site americano chamado PolitiFact que avalia a veracidade das declarações de candidatos/políticos, a partir de fatos e notícias anteriores. Tem até um Truth-O-Meter para várias declarações.

Imaginem se isso fosse implementado no Brasil.

como encontrar o melhor periódico para o seu novo artigo http://marcopessoa.com/blog/2012/08/21/como-encontrar-o-melhor-periodico-para-o-seu-novo-artigo/ 2012-08-21T13:37:03-03:00 2012-08-21T13:37:03-03:00

Hoje descobri uma ferramenta bem interessante, chamada JANE.

O Journal/Author Name Estimator (JANE) sugere periódicos para submissão de artigos baseados no título e/ou abstract do seu manuscrito.

Além disso ele tem várias opções de busca: você pode listar somente aqueles periódicos Open Access, ou com publicação imediata após o artigo ser aceito.

Testei o título de uma submissão feita recentemente e o periódico para o qual nós submetemos o artigo foi o segundo da lista sugerida pela JANE. O que me deixou bastante feliz =)

Descobri o(a) JANE pelo Twitter do Jonathan Eisen (@phylogenomics). Ele explicou um pouco sobre a ferramenta no blog dele:

How to find an Open Access journal for submitting your paper(s) #Jane #DOAJ

genômica aplicada à esperança http://marcopessoa.com/blog/2012/05/29/genomica-aplicada-a-esperanca/ 2012-05-29T19:40:44-03:00 2012-05-29T19:40:44-03:00

Alguns de vocês devem conhecer o Matt Might pelo seu famoso Guia Ilustrado para um PhD.

Conhecia esse texto ilustrado há algum tempo, e foi, mais uma vez, por causa do site The Setup, que descobri por acaso quem era o autor do guia.

No seu blog encontrei muitas dicas excelentes sobre produtividade e carreira. Tudo aplicado ao meio científico, focado ou não em computação, a área de atuação dele. Gostei tanto que acabei lendo dois livros indicados por ele logo depois, e assinei o feed RSS do site.

Hoje ele publicou um post contando como um experimento de whole exome sequencing ajudou a descobrir a causa da doença genética do seu filho, depois de 3 anos de investigação. As mutações parecem ser o primeiro caso do tipo relatado para o gene em questão.

A história é fantástica, aplicável em qualquer curso de genética, e vale a leitura. É um exemplo do que ferramentas de genômica podem fazer quando aplicadas a problemas específicos em saúde e medicina.

Nas palavras do próprio Matt

This is a story about the kind of hope that only science can provide.

Leia o longo relato aqui.

Os resultados que levaram à descoberta foram publicados em um artigo científico de acesso livre, no Journal of Medical Genetics. DOI: 10.1136/jmedgenet-2012-100819.

joining my user accounts on the mac http://marcopessoa.com/blog/2012/05/28/joining-my-user-accounts-on-the-mac/ 2012-05-28T18:43:59-03:00 2012-05-28T18:43:59-03:00

I used to keep two separate user accounts on Mac OS based on context: one for personal matters, another one for work. I had been doing that for years, ever since I started using linux.

My theory was that by doing it, personal stuff wouldn’t stand in the way of productivity. It was my way of crippling technology to be more productive. That started out OK, but for the last few months I have spent more and more time on my work account. It got to a point where I would be too lazy just to change accounts in order to play with Lightroom and edit some photos.

Yesterday I took the bold step to join both accounts into one. I actually moved the home folder stuff on the personal account to my work account.

Taking care to back up everything before I started, I exported my Mail.app inboxes, moved my iTunes and iPhoto libraries, and all my images and Lightroom catalogs. These were the most complicated ones. Apart from those, I didn’t have too many documents to move, and doing that was quite simple. The only thing I’ll have to pay attention from now on is the eventual file permission problems I will eventually face.

So far I’m happy with how I’m dealing with it, and I guess this is how things are going to be for a few more years.

Meu primeiro capítulo de livro http://marcopessoa.com/blog/2012/02/27/primeiro-capitulo-de-livro/ 2012-02-27T20:28:59-03:00 2012-02-27T20:28:59-03:00

Em janeiro foi lançada a publicação com a minha primeira participação como autor de capítulo.

O livro se chama Biotecnologia: estado da arte e aplicações na agropecuária. Ele é fruto de um curso oferecido na Embrapa Cerrados para alunos de pós-graduação da UnB e da UPIS.

O curso apresenta em grande parte o escopo de atividades envolvendo biotecnologia realizadas na Unidade.

Os capítulos abrangem, por exemplo, a aplicação de marcadores moleculares em caracterização de germoplasma e melhoramento vegetal e animal, fixação biológica de nitrogênio, genômica funcional, biossegurança, e vários outros temas.

Meu capítulo trata de metagenômica. Tenho atuado em um projeto utilizando essa abordagem com microrganismos de solo do Cerrado.

O livro custa R$ 55,00, e pode ser comprado na livraria online da Embrapa (link aqui).

Cuzco e Machu Picchu - links úteis para organizar sua viagem http://marcopessoa.com/blog/2012/01/15/cuzco-machu-picchu-links-uteis-para-organizar-viagem/ 2012-01-15T21:08:07-02:00 2012-01-15T21:08:07-02:00

Em agosto do ano passado viajamos para o Peru, saindo de Brasília. Nosso objetivo era conhecer Cuzco e Machu Picchu, e algumas cidades do Vale Sagrado.

A viagem foi planejada em um mês, depois da sugestão de uma colega de trabalho. Imaginava que a única forma de chegar a Machu Picchu era através da Trilha Inca. Foi essa colega que me esclareceu que era possível chegar lá também por trem. Nesse período curto de planejamento e tomada de decisão, o fato de não precisar me preocupar com toda a preparação para percorrer a trilha, e o excelente preço das passagens aéreas, tornaram a possibilidade da viagem bem mais atraente.

Felizmente, a internet tinha praticamente todos os caminhos para organizar a viagem da forma mais tranquila possível.

Já decididos a encarar o desafio, começamos com as passagens. Utilizamos o Decolar.com, numa experiência sem problemas nem imprevistos.

Os meses mais indicados para visitar Machu Picchu são julho e agosto, quando a possibilidade de chuva é bem menor. São também os meses de férias de verão no hemisfério norte, e a região fica abarrotada de turistas da Europa e EUA. Viajamos na alta temporada, mas ainda assim, considero os preços das passagens razoáveis para uma viagem internacional. O voo Brasília-Lima-Cuzco, ida e volta, saiu por R$ 839,36 por pessoa, já incluindo taxas, pela LAN.

Um parêntese: já no avião, lendo o jornal, vi uma pequena notícia falando que exatamente o voo em que estávamos, Brasília-Lima da LAN, deixaria de ser oferecido em novembro. Creio que a TACA ainda ofereça esse voo saindo de Brasília.

O trecho de trem que chega a Aguas Calientes, vila no sopé da montanha onde está Machu Picchu, também é vendido pela internet, no site da empresa Peru Rail. Existem opções saindo de Cuzco, Ollantaytambo e Urubamba. A opção de saída de Cuzco é confortável, mas é mais cara, com menos horários de saída, e os lugares se esgotam bem rápido. Escolhemos sair de Ollantaytambo, pequena cidade no meio do caminho que vale bastante a visita. É uma vila de planejamento urbano inca, com ruínas fantásticas nas encostas das montanhas que cercam a cidade.

Existem três opções de trens, começando com o mais barato (Expedition), o intermediário (Vistadome) e o top de linha (Hiram Bingham). Fomos de Expedition, e voltamos de Vistadome, mas sinceramente, não senti muita diferença que justificasse pagar a mais pelo Vistadome. O Expedition já é padrão pra gringo viajante. Os preços variam bastante, até para um mesmo tipo de trem, dependendo do horário. No nosso caso, R$ 143,10 por pessoa, ida e volta.

A maioria das pessoas que optam por chegar a MP de trem fazem isso de duas formas:

  1. Chegam a Aguas Calientes no fim da tarde ou à noite, pernoitam na vila, visitam Machu Picchu na manhã seguinte, e voltam.

  2. Chegam a Aguas Calientes de manhã, visitam Machu Picchu, e voltam no mesmo dia.

Como não tínhamos pressa, fizemos diferente: pernoitamos duas noites em Aguas Calientes. Muita gente vai dizer que é perda de tempo e que lá não tem nada pra fazer. Mas preferimos descansar bastante depois do dia inteiro em Machu Picchu, antes de encarar uma viagem de trem até Ollantaytambo e outra de carro até Cuzco.

A partir do ano passado os ingressos para Machu Picchu também passaram a ser vendidos pela internet, com uma quantidade limitada de pessoas que podem visitar as ruínas em um determinado dia. O site do governo peruano vende os “boletos eletrónicos” para Machu Picchu e Huayna Picchu, e você define a data da visita na hora da compra. O pagamento é com cartões do sistema Verified by Visa. Na época da viagem, li que no Brasil o único banco com cartão Visa nesse sistema era o do Bradesco. Também foi uma compra tranquila, sem maiores contratempos. Você imprime os bilhetes com seu nome e número de passaporte e os apresenta na entrada do parque. O ingresso saiu por R$ 90,53.

O TripAdvisor ajudou na hora de escolher o local de hospedagem. Essa foi, de longe, a decisão mais difícil de tomar. Acho complicado escolher hotel a partir de site na internet, e mais ainda a partir da opinião de pessoas bastante diferentes umas das outras. Depois de muita procura, escolhemos o Hostal Pension Alemana, que fica no bairro de San Blas. Era um dos melhores avaliados no TripAdvisor, e praticamente ninguém havia reclamado de algo que me preocupava muito: chuveiro com água quente. O custo final foi de US$ 420,00 por 7 diárias em um quarto de casal. Em Aguas Calientes pagamos mais US$ 80,00 por duas diárias em quarto de casal. Hospedagem lá ou é muito simples e cara, ou muito alto nível e muito cara. Acho que acertamos na escolha, ficamos no Terrazas del Inca. Tivemos alguns problemas com água quente, mas conversando com a equipe tudo foi sanado relativamente rápido. O pessoal nos recebeu muito bem.

Em Aguas Calientes, mais um gasto é a passagem de ônibus entre a vila e Machu Picchu, algumas boas centenas de metros acima da montanha. Uma empresa de micro-ônibus faz o trajeto de ida e volta o dia inteiro. O preço é US$ 15,50 por pessoa, ida e volta.

Outro site com muita informação útil - depois de uma boa filtrada - é o mochileiros.com. Eles tem uma página específica com perguntas e respostas sobre Machu Picchu.

Gosto de um bom guia de viagem, e sou fiel aos guias do Lonely Planet. Outro dia em uma livraria vi que alguns deles começaram a ser editados em português. No site da editora você pode comprar capítulos específicos em PDF. Usei bastante o capítulo sobre Cuzco e Vale Sagrado do guia sobre o Peru.

No total, aproximadamente R$ 2200,00 entre passagens de avião, trem, ônibus, e ingressos para um casal, e US$ 500,00 em hospedagem. Outro porém: pra não perder a reserva do quarto em Cuzco, pagamos por duas diárias na Pension Alemana enquanto estávamos em Aguas Calientes. Mas é perfeitamente possível fazer a reserva dividida em duas, caso saia de Cuzco por uma ou duas noites e volte. Existem opções mais baratas de hospedagem, e mais caras também, dá pra adequar bem ao seu bolso.

Em outros posts tento resumir dicas pra cada lugar que visitamos. Enquanto isso vocês podem conferir fotos da viagem aqui e aqui.

Criando minha rádio no iTunes - parte 2 http://marcopessoa.com/blog/2012/01/07/criando-minha-radio-no-itunes-2/ 2012-01-07T10:53:59-02:00 2012-01-07T10:53:59-02:00

Correndo o risco de já soar datado, feliz 2012!

Continuando o post do ano passado, vamos começar a montar as pastas inteligentes no iTunes que vão alimentar nossa rádio pessoal. Já deve ter dado tempo de vocês começarem a avaliar pelo menos algumas faixas como excelentes, ótimas, boas, ruins, ou muito ruins. Se ainda não fizeram isso, voltem ao post anterior. =)

O crédito dessa ideia é do Geof Morris, que conheci através de uma entrevista no The Setup. Simplesmente usei o método dele, gostei do resultado, e traduzi pro português. Caso queiram ler o texto onde ele explica o mesmo método e comenta outros fatores importantes nas listas, é só checar esse post.

Pra começar, criaremos 6 listas inteligentes (Para criar uma nova, clique em Arquivo > Nova Lista Inteligente):

  1. Discos 5 estrelas
  2. Discos 4 estrelas
  3. Alta rotatividade
  4. Adicionadas no últimos 3 meses
  5. Menos tocadas
  6. Pérolas perdidas

As duas primeiras listas são as mais simples. A única regra para as duas é Classificação do Álbum é cinco estrelas (no primeiro caso), e quatro estrelas (no segundo).

A lista 3, Alta rotatividade, contém as suas 250 faixas mais tocadas. A configuração dela está na imagem abaixo:

A lista 4 também é bem simples. As regras são Data de Adição nos últimos 3 meses, e Classificação não é zero estrela.

Menos tocadas:

E finalmente, pérolas perdidas. Suas faixas com 4 ou 5 estrelas que você não ouviu nos últimos 3 meses:

Essas seis listas vão alimentar sua Rádio Pessoal, em uma lista que eu chamo de Fonte para Rádio:

Que é finalmente filtrada para não tocar músicas que eu não quis ouvir em algum momento (ou seja, dei um skip, passei pra frente), nem algum estilo específico, ou mídias específicas, como podcasts. Essa lista eu chamo de Rádio Filtrada:

Dou um gelo nas faixas que não quis ouvir por 15 dias, e só entram na programação faixas com 3 ou mais estrelas. Já os estilos que vocês querem excluir ficam a critério de vocês. Finalmente, como acho que faixas com menos de 1 minuto de duração muito raramente se sustentam sozinhas fora do contexto de um disco, também as elimino com esse filtro.

Essa é a única lista que passo pro meu iPhone, e que acabo usando pra escutar no carro ou no trabalho. Em geral um shuffle nessa playlist acaba trazendo muita coisa boa pra ouvir, além de muita surpresa, como faixas que não escuto há bastante tempo. Finalmente, caso vocês tenham restrições de espaço devido a um número muito grande de faixas na Rádio Filtrada, vocês podem limitar o tamanho da lista em Gigabytes ou em número de arquivos. Por exemplo: tenho uma segunda lista filtrada para caber em um velho iPod nano de 1 Giga, com menos músicas.

É isso! Vocês já têm uma programação personalizada de rádio a partir dos seus arquivos no iTunes. Caso tenham alguma sugestão de como melhorar a alimentação das listas inteligentes, compartilhem nos comentários =)

Criando minha rádio no iTunes - parte 1 http://marcopessoa.com/blog/2011/12/20/criando-minha-radio-no-itunes/ 2011-12-20T22:04:33-02:00 2011-12-20T22:04:33-02:00

Em setembro, no The Setup, li uma entrevista com um cara chamado Geof Morris.

Na entrevista vi como ele utiliza um sistema de organização de listas inteligentes no iTunes, que permite que ele tenha uma programação semelhante a uma rádio pessoal, a partir da sua biblioteca de músicas.

Mas antes de começar a explicar o sistema dele, que eu venho usando já há alguns meses, é importante deixar claro que ele só funciona se você utilizar o sistema de classificações de faixas entre 1 e 5 estrelas.

Eu demorei a me disciplinar com isso, mas depois de um tempo vale o esforço. Meu sistema de avaliação segue uma lógica bem simples:

  • 5 estrelas: músicas excelentes!
  • 4 estrelas: faixas ótimas
  • 3 estrelas: música boa
  • 2 estrelas: hmm, regular
  • 1 estrela: nunca mais quero ouvir

Antes de ler a entrevista do Geof eu me limitava a avaliar algumas músicas - quando lembrava, ou as que achava ótimas ou excelentes - e só mandar pro iPhone essas faixas de 4 ou 5 estrelas. Como o número de músicas avaliadas nunca foi muito grande, a playlist do iPhone, que uso na maior parte do tempo quando estou no trânsito, ou quando ia para o trabalho de ônibus, acabava ficando bastante repetitiva e cansativa, sem muita surpresa.

O interessante do sistema que ele sugere é que você acaba tendo à disposição, além das suas faixas preferidas, aquilo que você gosta mas não escuta há algum tempo, ou as suas importações mais recentes. E mais: você pode retirar automaticamente da lista as faixas que você desiste de ouvir durante a execução (dando um skip para a próxima música), mídias específicas (como podcasts), ou estilos musicais específicos (a não ser que você curta ouvir seus sambas-enredo fora do período de carnaval).

No próximo post explico cada lista inteligente e a lista final da sua rádio personalizada.

iCloud love http://marcopessoa.com/blog/2011/10/13/icloud-love/ 2011-10-13T15:54:27-03:00 2011-10-13T15:54:27-03:00

It only took me one day to fall in love with iCloud, because of a really simple feature. iCloud is the new cloud service Apple launched yesterday.

I’m a user of clients, whenever possible: I’d rather manage my mail on Mail.app than on Gmail on a browser, my appointments on iCal rather than on Google Calendar, or my tweets on Twitter.app than on Twitter’s web page.

In order to keep my contacts and calendars synchronized on different devices I used my Google account. Until yesterday, that is. A very annoying drawback was that at work, where I’m behind a proxy, I could not upload new appointments from iCal to Google. For some reason iCal settings did not work with Google Sync behind a proxy. And being a client user, I didn’t want to use Google Calendar to manage that.

It is a small problem to worry about, but it really bugged me. I would either save new appointments on my iPhone, or add them to iCal and sync them later back home.

I first exported my Personal and Work calendars from Google and imported them to my iCloud account. I did the same with my contacts. They were all synchronized and readily available on my iPhone.

So today, at work and behind a proxy, I just added a new appointment to iCal and checked if it would be uploaded to iCloud, and it did. A few seconds later I could also see it on my iPhone. Neat!

crowdsourcing vida ou morte http://marcopessoa.com/blog/2011/10/07/crowdsourcing-vida-ou-morte/ 2011-10-07T22:35:28-03:00 2011-10-07T22:35:28-03:00

Hoje à noite me deparei com dois posts de diferentes blogs comentando a mesma história.

O Amit Gupta, empreendedor em São Francisco, criador do Photojojo e co-fundador do Jelly foi diagnosticado há poucos dias com leucemia aguda.

Devido à sua ascendência sul-asiática, a chance de ele encontrar um doador compatível no banco de dados americano, que tem 9,5 milhões de registros, é de 1 em 20.000.

Dentre outras atitudes tomadas, ele publicou um post no tumblr, pedindo ajuda de uma forma direta:

“Algumas formas de ajudar:

  1. Se você é do sul da Ásia, receba um teste grátis por correio. Você esfrega um cotonete na sua bochecha e manda de volta. É fácil.
  2. Se você está em NY, você pode ir para este evento que meus amigos estão organizando.
  3. Se você conhece qualquer pessoa do sul da Ásia (Índia, Paquistão, Bangladesh, Nepal, Butão, Maldivas ou Sri Lanka), por favor, indiquem os links acima para elas.
  4. Organize um mutirão de testes perto de você (talvez a coisa que mais ajude). Escreva para 100kcheeks@gmail.com. Eles vão enviar kits, flyers, te dizer o que dizer, e fazer todo o processo mais convincente.”

Em resumo, o Amit pediu um esforço conjunto pra aumentar suas chances de resolver um problema imediato. Ele fez crowdsourcing pra intensificar suas chances de um transplante bem sucedido. Crowdsourcing em um caso de vida ou morte.

Um dos comentários que li a respeito disso foi do Seth Godin, diante das manifestações de apoio que começaram a pipocar online:

“The extraordinary thing about marketing is that a million people might see something or hear something or be sold something and only a thousand will actually take action. Even if it’s free.”

Num momento em que minha timeline do Facebook tá cheia de atitudes pontuais ligadas a alguma “causa”, associo outro comentário do Seth Godin em relação ao problema do Amit:

“But the support he really needs is for you to get a Q-tip, stick it in your cheek and mail it back. The process is free and you can sign up right here.”

Seth Godin até propôs transformar a ação em jogo, e ofereceu um prêmio pra primeira pessoa compatível que concretizar a doação de medula óssea.

Diante das várias “causas” que propagamos e defendemos online, que ações práticas tomamos em relação a elas? Colar qualquer coisa no nosso mural que justifique nossa defesa funciona? Essas ações tem um propósito prático e objetivo?

Usando mais uma frase, agora do Merlin Mann, e pecando pelo excesso de citações:

“Joining a Facebook group about creative productivity is like buying a chair about jogging.”


Alguém sabe se existe uma iniciativa como essa no Brasil?

O Be the Match envia kits com cotonetes pelo correio para você fazer um esfregaço de mucosa bucal. Você envia de volta e se cadastra em um registro de possíveis doadores de medula óssea, caso seja detectado que você é compatível com algum paciente na fila de transplante de medula.

descanse steve http://marcopessoa.com/blog/2011/10/05/descanse-steve/ 2011-10-05T19:38:05-03:00 2011-10-05T19:38:05-03:00

Escrevo isso ainda tentando entender por que a morte de um desconhecido, mais de uma vez essa noite, me deu um nó na garganta a ponto de quase me fazer chorar. Isso tudo sem sentimentalismo de reportagens típicas de obituário. Só uma foto em preto e branco, com seu nome acompanhado do intervalo 1955-2011.

Agora a CNN mostra trechos de um vídeo que vi mais de uma vez essa semana, por acaso, com um discurso para estudantes na Universidade de Stanford. Algumas palavras desse discurso tem martelado na minha cabeça nos últimos dias, por motivos pessoais e profissionais.

“Your time is limited, so don’t waste it living someone else’s life. Don’t be trapped by dogma, which is living with the results of other people’s thinking. Don’t let the noise of others’ opinions drown out your own inner voice, heart and intuition. They somehow already know what you truly want to become. Everything else is secondary.”

Tomo a liberdade de extrapolar aqui uma opinião minha para vários de vocês: o fato de estarmos reagindo com grande tristeza, cada um a sua maneira, traz em si um sentimento de ligação e proximidade, e um desejo de sonharmos ser, talvez desde crianças, nem que seja só um pouquinho, como Steve Jobs.

uma explosão de conteúdo http://marcopessoa.com/blog/2011/10/03/explosao-de-conteudo/ 2011-10-03T21:49:10-03:00 2011-10-03T21:49:10-03:00

A quantidade de links que passam diante dos meus olhos todo dia é tão grande que a minha busca por uma maneira produtiva de aproveitar esse material é constante. Twitter, Facebook, ou seu agregador de feeds favorito, todos trazem um fluxo de informação que parece impossível de organizar e utilizar de uma forma positiva. Decidi nesse primeiro post resumir um fluxo de trabalho que tenho tentado praticar para processar e utilizar essa informação. Meu interesse é armazenar e aproveitar conteúdo para possíveis usos futuros.

Pontos de entrada.

Os lugares de onde retiro informação para leitura com maior frequência são minhas assinaturas de feeds no Google Reader, minha conta no Twitter, e os feeds de amigos no Facebook.

Meus feeds RSS são separados em categorias. No momento tenho as categorias Blogs, Notícias, Produtividade e Trabalho. Cada categoria é meio auto-explicativa, na verdade só tento organizar todas as minhas assinaturas de uma forma mais focada em contexto. As assinaturas de Trabalho tem feeds de alguns periódicos que atualizam com as edições ou artigos mais recentes, e feeds de buscas de termos específicos no Scopus. Nas outras categorias, os interesses são os que vocês podem esperar de mim: ciência, música, tecnologia, fotografia, nerdices em geral.

No Twitter sigo alguns pesquisadores e blogueiros de ciência e tecnologia que sempre tem coisas interessantes a compartilhar. Alguns amigos também sempre postam coisas bacanas.

O Facebook acaba ficando pra coisas mais gerais que aparecem ao acaso nas assinaturas dos meus contatos.

Filtragem

Quando me deparo com algum conteúdo que me interessa, a decisão sobre o que fazer a seguir depende de onde esteja no momento (se em casa, na rua, no trabalho, ou via laptop ou iPhone), e de que conteúdo se trata.

Caso a primeira olhada seja feita no laptop e o conteúdo seja algo que me interesse e não tenha tempo pra ler na hora, salvo o texto no Instapaper. O Instapaper é um aplicativo que permite que você salve somente os textos de sites para “ler depois”, sem toda a poluição de anúncios e outras coisas que você vê no link original. É ideal para quem tem tempo de leitura em ônibus ou metrô entre casa e trabalho, por exemplo. Com o Instapaper, o fluxo geralmente é: no seu browser, salvar para ler depois; no iPhone, ler o texto cru, offline, após sincronização.

Se estiver no iPhone e também não tiver tempo pra leitura, uso o Instapaper e leio depois. Mas faço isso se tiver aberto o link de fato. O que realmente vinha acontecendo na maioria das vezes era outra coisa: com preguiça de abrir o link, só marcava o item com uma estrela no Google Reader para voltar a ele depois. A ideia era processar isso novamente para leitura. Mas acabei com uma pilha de itens com estrela - e não lidos - que deu um trabalhão pra processar de uma vez só. Não aconselho.

No caso de artigos científicos, passo os olhos nos feeds de Trabalho e vou abrindo aquilo que me chama a atenção. Baixo os PDF’s e os importo para o Papers. Lá os artigos também são divididos em categorias e tenho uma smartlist com os artigos que importei nos últimos dois meses que se chama “Leitura urgente”, pra que não esqueça de lê-los. O Papers merece um post só pra ele no futuro.

Se o link que me interessa está no Twitter, sigo o fluxo normal no laptop. No Twitter para iPhone, geralmente acabo marcando o tweet como favorito para voltar a ele depois. O problema é que também é fácil esquecer dessas marcações. Por algum motivo volto a elas com maior frequência do que aos itens marcados no Google Reader.

Leitura

Aqui fica óbvio: se tenho tempo para leitura, leio!

Geralmente leio os itens salvos na minha conta no Instapaper no iPhone, antes de dormir. Quando ia para o trabalho de ônibus conseguia ficar em dia com a leitura desses itens rapidinho. Caso tenha um tempo livre, faço a leitura desses itens salvos no próprio laptop, em um outro momento.

Leio os artigos científicos no Skim, um aplicativo pra Mac OS X voltado especificamente pra leitura de artigos. Nele consigo usar uns scripts que descobri recentemente, e que são interessantes na fase de armazenamento da informação. Até gostei do novo Preview do Lion, com o smart zoom e tela cheia, mas o Skim ainda é vencedor por causa dos scripts que mencionei.

Armazenamento e compartilhamento

Há alguns meses, lendo o livro Where Good Ideas Come From: The Natural History of Innovation, descobri um programa chamado DEVONThink. É nele que armazeno passagens, trechos de matérias, de artigos, posts, notícias. Qualquer coisa que leia e que ache que deva ser armazenado porque tem alguma relação com interesses meus. O DEVONThink é interessante demais e, assim como o Papers, merece um post individual. Em resumo, a partir do momento em que você tem um banco de dados robusto armazenado no programa, é possível fazer associações entre itens no banco, que, muito provavelmente, você seria incapaz de fazer sozinho.

Os trechos marcados em PDF’s artigos científicos no Skim são exportados diretamente pro DEVONThink com scripts específicos pra isso.

Quando os links tratam de coisas mais diretas como guias ou tutoriais, ou são de conteúdo de interesse mais geral, salvo o link no delicious. Alguns deles são salvos como links privados, e outros deixo abertos para exibição na página inicial desse site como itens que li recentemente na web. Pra isso, uso javascript para gerar e exibir um linkroll do próprio delicious.

Finalmente, se acho adequado, também compartilho itens que leio nas minhas contas no Twitter e Facebook.

Conclusão

Esse post trata principalmente de conteúdo encontrado na web e de artigos científicos. Tenho muita preguiça de assistir vídeos online, mas esse é um conteúdo que tem se acumulado na minha conta no Google Reader.

Aplico um fluxo que também acaba em um armazenamento de trechos interessantes no DEVONThink para livros que li no Kindle. Apesar de ainda achar que o método está incompleto, fazer esse fluxo funcionar é mais questão de prática e disciplina, por enquanto. A forma de lidar com um material específico, como os próprios artigos científicos, e como tenho utilizado o DEVONThink, merecem, como já mencionei, posts separados.

avoid monotony to stretch time http://marcopessoa.com/blog/2011/06/08/avoid-monotony/ 2011-06-08T01:20:00-03:00 2011-06-08T01:20:00-03:00

I’ve just finished reading Moonwalking with Einstein, by Joshua Foer. Even though the following passages don’t have much to do with the full essence of the book, I decided to post them here as reminders for everyday life.

“Monotony collapses time; novelty unfolds it. You can exercise daily and eat healthily and live a long life, while experiencing a short one.”

“spend your life sitting in a cubicle and passing papers, one day is bound to blend unmemorably into the next—and disappear.”

“have as many new experiences as possible that can serve to anchor our memories.”

“Creating new memories stretches out psychological time, and lengthens our perception of our lives.”

“Life seems to speed up as we get older because life gets less memorable as we get older.”

Highly recommended.